Die Logo-Größe hat nichts mit dem Bilderupload zu tun.
Es sei denn, du verwechselst hier an dieser Stelle Logo mit Thumbnail ?
Wenn so, dann :
Die Thumbnail-Größe stellst du in den Upload-Einstellungen im ACP ein.
Sollten vorher erzeugte Thumbs zu groß / zu klein sein , so kannst du diese via ACP oder FTP löschen.
Und anschließend musst du mit dem Auto-Thumbnailer im ACP die Thumbs in der neuen Größe wieder herstellen.
Fertig.